人気ソーシャルゲーム「魔法少女育成計画」には、プレイヤーの数万人に一人を常人離れした身体能力と可憐な容姿、人間にはない特殊能力を持つ「魔法少女」にする力があった。しかし、とある地区で16人もの魔法少女が密集したことにより、魔力の問題から運営側が魔法少女を半分の8人まで削減する事を宣言した。 突然の事態に戸惑いながらも目標をこなしていく魔法少女達。しかし間もなく選抜試験の「脱落者は命を奪われる」死のサバイバルゲームであることが発覚し、生き延びるために協調を訴える者、他者を蹴落とさんと暗躍する者、自らを犠牲に隣人を守る者、様々な思惑が魔法少女同士による最悪の殺し合いへと繋がっていく。やがて試験は終わりを迎え、生き延びた魔法少女らは隠された真実に触れ、黒幕の下に辿り着く。